荷花莖中有許多通氣孔,與根、葉、花相連,形成一個通氣系統,這也是水生蔬菜的結構特點。在折斷時有許多絲狀物相連,這是帶狀螺旋導管及管胞的次生壁抽長而成的,這些并行排列由帶狀旋體構成的組織,在葉柄和花柄上也有,但在藕及蓮鞭上較長,相邊不斷,故稱“藕斷絲連”。蓮藕地下莖各節均發生不定根,從表土20-30厘米的土層中吸收營養。從種藕到長出蓮鞭1-2節的這段時間根群較短而細弱。出現了立葉之后,其以后各節以上的根群就較長而粗。根群對蓮藕營養的吸收和植株的固定起著重要的作用。如果根系不斷地被移動或被踏傷,藕的生長和形狀都要受到影響。
蓮鞭長到六至十余節后,隨著保定荷花苗荷葉的增加,所制造的碳水化合物相應增多,加上來自根部吸收來的營養物質均流向頂端,頂端各節便膨大成為新藕。藕的藕一般3-5節,也有7-8節,先端一節稱為藕頭,中間幾節稱為主藕,尾端一節稱為藕梢。一般藕梢品質較次,早熟藕如延遲收獲,藕梢常有干縮現象。主藕的側芽可長子藕,子藕的側芽還可膨大成為孫藕。
有人認為“藕”是荷花的根,其實不然,那藕是荷花的莖,不過它是變形態的根狀莖。荷花真正的根長在藕的節上。供食用的部分稱為藕,是蓮藕的變形態莖。莖先端為喙狀物,是由鱗片包住的,其中由頂芽、幼葉和側芽組成,稱為藕苫;嫩葉向上延伸,浮出水面,展開了為荷葉,頂芽及副芽在泥中橫向生長,稱蓮鞭。有的節位上還有分化出來的花芽。
根據《我國荷花品種圖志》的分類標準共分為3系、50群、23類及28組。A.我國蓮系;B.美國蓮系:III、大中花群:i.單瓣類單瓣黃蓮組C.中美混交種蓮系IV.大中花群:j.單瓣類:混交種單瓣紅蓮組;混交種單瓣粉蓮組;混交種單瓣黃蓮組;混交種單瓣復色蓮組k.復瓣類:混交種復瓣白蓮組;混交種復瓣黃蓮組V.小花群:l.單瓣類:混交種單瓣黃碗蓮組;m.復瓣類:混交種復瓣白碗蓮組。